První písemný záznam o dnešních Hlušicích pochází z r. 1322, kdy je vlastnil Sulek z Hlušec (Sulislav). Po Sulkovi se v Hlušicích uvádějí: r. 1375 Oldřich z Hlušec, r. 1382 Chotěbor z Cerhenic a r. 1385 jeho syn Vilém. Dále následovali Mareš Desátek, roku 1393 Markvart z Vartemberka, r. 1409 Jindra z Bartoušova a s ním uváděni i Buzek z Hlušec a Jan Puklice. V roce 1417 vlastnil Hušice Mikeš Krně (Krnie) ze Slatin, dále Oneš z Hlušec, roku 1451 Petr z Plotišť a po něm Jetřich z Plotišť, jeho syn (v této době byly Hlušice a Hlušičky připojeny k Novému Bydžovu).

Bývalé Hlušičky se jmenovitě připomínají teprve r. 1385. Tehdy patřily novobydžovskému purkrabímu Přibíkovi z Hlušiček (do roku 1401). Osobou Přibíka je v Hlušičkách doložen vladycký statek, existence tvrze doložena není. Současně s Přibíkem byl na vsi zapsán i Ješek Bradáč ze Sloupna. Od roku 1417 vlastnil Hlušičky Domorat a r. 1451 Zdeněk z Vinar. Koncem 15. století se obě obce dostaly do držení rodu Vartemberků a od té doby měly již vrchnost společnou. V roce 1516 Hašek Zvířetický z Vartemberka prodal obě vesnice spolu s Janovicemi a Vinary Vilému z Pernštejna. Pernštejnové vlastnili Hlušice do roku 1548, kdy je Jan z Pernštejna prodal Arnoštu Bryknarovi z Brukštejna, od kterého obě obce hned následujícího roku (1549) odkoupili bratři Kapounové ze Svojkova.

Albrecht Kapoun postavil v Hlušicích tvrz a byl v letech 1557 až 1569 purkrabím Pražského hradu a později i purkrabím Hradeckého kraje. Hlušická renesanční tvrz, která je naposledy doložena roku 1623, kdy byla přikoupena k panství Chlumec nad Cidlinou, byla poškozena v třicetileté válce. Kapounové vlastnili Hlušice do roku 1623, kdy jim byly po bělohorské bitvě zkonfiskovány, získal je Václav Vchynský z Vchynic a Tetova. Roku 1630 je pro zadluženost prodal Jan Oktavián Vchynský císařskému kapitánu Ivovi z Blanschartu na Michalovicích. Roku 1650 Hlušice získala Lidmila Markéta hraběnka z Valdštejna.